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Denominação dada aos carboidratos cuja molécula é constituída por cinco carbonos (pentoses). Como nenhum microrganismo conhecido consegue converter naturalmente esses açúcares em etanol de modo eficiente, a engenharia genética, metabólica e evolutiva tem hoje o desafio de criar microrganismos capazes de realizar esta tarefa com a mesma eficiência das leveduras usadas atualmente no processo convencional, ou seja, de primeira geração.